複数ファイルの一括削除
ターミナルのコマンドは主にカレントディレクトリを参照するため、
サブディレクトリを含めたファイルの削除などは以下のコマンドが便利です。
find . -type f -name "*.txt"|xargs rm
findでtxtの拡張子を持つファイルを検索し、
見つけたファイルを引数としてrmでファイルを削除できます。
参考
http://shikumiya.jp/techlife/archives/67
追記2020 4 26
上記の方法だと空白などの特殊文字が入るとうまく動かないので
ヌル文字を切り出すと良いらしい
find . -name fileA -print0 | xargs -0 grep abc
Homerのインストールとエラー
Bioinformaticsにおける解析ツール、Homerをダウンロードします。
Xcodeをインストールしていないと後述のようなエラーが出ますのでお気をつけて。
まず、App storeからXcodeをインストールした後、
ターミナルからコマンドラインツールを入れます。
$ xcode-select --install
次に、Homerをインストールするために
以下のサイトからファイルconfigureHomer.plをダウンロードします。
Homer Software and Data Download
任意のディレクトリにHomerという名前のフォルダを作り、
ダウンロードしたconfigureHomer.pl というファイルを移します。
その後、以下のコマンドでインストールを開始します。
$ perl /Users/<path>/homer/configureHomer.pl -install
PATHの設定については割愛します。
$ findMotifs.pl適当なコマンドを打ってPATHが通っているかを確認してください。
マウスの解析をするならマウスのゲノム情報をダウンロードします。
$ perl /Users/<path>/homer/configureHomer.pl -install mm10
ーーーーここから先はXcodeをインストールしていなかった場合のお話ーーーー
ChIP peakのGenomic distributionを調べるためにannotatePeaks.plと打つとエラーが…
$ assignGenomeAnnotation: cannot execute binary file
Home brewをインストールしたときにXcode（のコマンドラインツールだけ？）は入れたはずだが記憶も記録もない。
まず、アプリが入っていなかったのでインストール…
ついでにコマンドラインツールもインストールしてみたがエラーは消えない…
Homerを再インストールするとようやくエラーが消えました。
rsyncによるバックアップフォルダの同期
rsyncはデータの移送元と移送先を比較して、移送先にないデータだけをコピーするコマンドです。
移送先にあるデータでも移送元に更新日時の新しいバージョンがあればそれもコピーされます。
メインコンピュータと外部HDDのバックアップのデータを同期させるために以下のコマンドを使用しました。
rsync -av 輸送元/ 輸送先optionに指定している-aはアーカイブモード
-vは転送されるファイルのリストやデータ量を表示
輸送元には転送するフォルダのパス＋"/"（スラッシュがないと指定のフォルダ内のデータではなく、フォルダそのものが転送されてしまう。）
輸送先にはフォルダをのパスを指定
実際に同期を行う前にoptionを-avnとするとして実行すると、
転送は行わず、転送されるファイルリストとデータ量を確認できます。
細かい同期設定をするなら以下のサイトが参考になります。
MACS2のインストール
坊農先生のブログ
に従い、MACS2のインストールを試みましたが、
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1とエラーが出てしまいインストールできず…
pipとsetuptoolsをアップグレードすることで解決できるとの記事を見つけ、
試してはみたがやはりうまくいかず…
python環境の問題かと考えて色々試した挙げ句、
condaでインストールできることが判明したため目的は達成できました。
$ conda install -c bioconda macs2MACS2はpython2.7を要求するので仮想環境の設定をお忘れなく。
$ source activate py27
pipでインストールできなかった原因だけが気がかりです。
