学振特別研究員の申請の時期になりました。 これから学振に申請する皆様へ私がどうしても伝えたいことは 申請書の書き方”以外”に大切なことがある ということです。 私はこれを知らなかったため、1年目のDC2申請の際には不採用をいただくことになりました。 …

シェルスクリプトを書くために勉強をしていると 時々行末に「2>&1」という記号を見かけると思います。 プログラミング初心者には意味不明なこの呪文について解説をしたいと思います。 この呪文はファイルディスクリプタと呼ばれる番号"1, 2"と リダイレクト"…

【要約】 ・ロングリードのマッピングbwa memではsam形式のファイルが出力される ・ショートリードのマッピングbwa alnでは"sai形式"のファイルが出力される そのため、samファイルに書き換えるためにはbwa samseをする必要がある 以下詳細 【BWAを使い始め…

2019 交流戦の成績を元にPCA解析をしてみました。 使用したデータは以下のデータです。 データ元：https://baseball.yahoo.co.jp/npb/standings/26/ runs runs allowed Homerun steal Batting average earned run average Hawks 75 61 32 16 0.233 3.16 Buff…

ターミナルから以下のコマンドでファイルを削除するだけ。 rm /Users/(user)/Library/Containers/com.apple.Preview 削除が怖ければmvで移動しても可 参考 https://discussionsjapan.apple.com/thread/110211573

Rで作成したグラフはいつもPng形式で書き出して PowerPointに貼り付けて使用していました。 プレゼンなどはこれで何の問題もなかったのですが、 学会用ポスターをPowerPoint上で作成すると… 不思議なことにRで作成したすべてのグラフの画質が異様に悪い… も…

ターミナルのコマンドは主にカレントディレクトリを参照するため、 サブディレクトリを含めたファイルの削除などは以下のコマンドが便利です。 find . -type f -name "*.txt"|xargs rm findでtxtの拡張子を持つファイルを検索し、 見つけたファイルを引数と…

Bioinformaticsにおける解析ツール、Homerをダウンロードします。 Xcodeをインストールしていないと後述のようなエラーが出ますのでお気をつけて。 まず、App storeからXcodeをインストールした後、 ターミナルからコマンドラインツールを入れます。 $ xcode…

rsyncはデータの移送元と移送先を比較して、移送先にないデータだけをコピーするコマンドです。 移送先にあるデータでも移送元に更新日時の新しいバージョンがあればそれもコピーされます。 メインコンピュータと外部HDDのバックアップのデータを同期させる…

坊農先生のブログ MACS2のインストール | ぼうのブログ(Backup) に従い、MACS2のインストールを試みましたが、 Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 とエラーが出てしまいインストールできず… pipとsetuptoolsをアップグレードする…