Wet系バイオインフォマティシャンの災難

機械に弱いバイオ研究者に降りかかる災難を綴っていきます。 Twitter: @1wantphd

留学経験もお金もいらない!英語が苦手な私でもTOEIC885点を取れた勉強法は…?

TOEICの勉強が続かない… 勉強しているのに点数が伸びない… と悩んでいませんか。 その原因、「勉強法があなたに合っていない」のではないでしょうか? TOEICに出題される問題の多くは基本に忠実で分かりやすいものです。 すなわち、基礎を押さえて難しい問題…

【学振特別研究員になるために】申請書の書き方以外に大切なこと

学振特別研究員の申請の時期になりました。 これから学振に申請する皆様へ私がどうしても伝えたいことは 申請書の書き方”以外”に大切なことがある ということです。 私はこれを知らなかったため、1年目のDC2申請の際には不採用をいただくことになりました。 …

シェルスクリプトに出てくる「2>&1」ってなんですか?【エラーログの保存に使えます】

シェルスクリプトを書くために勉強をしていると 時々行末に「2>&1」という記号を見かけると思います。 プログラミング初心者には意味不明なこの呪文について解説をしたいと思います。 この呪文はファイルディスクリプタと呼ばれる番号"1, 2"と リダイレクト"…

【mapping】BWAでマッピング・出力したファイルはsam形式ではない(場合がある)

【要約】 ・ロングリードのマッピングbwa memではsam形式のファイルが出力される ・ショートリードのマッピングbwa alnでは"sai形式"のファイルが出力される そのため、samファイルに書き換えるためにはbwa samseをする必要がある 以下詳細 【BWAを使い始め…

2019年交流戦成績でのPCA

2019 交流戦の成績を元にPCA解析をしてみました。 使用したデータは以下のデータです。 データ元:https://baseball.yahoo.co.jp/npb/standings/26/ runs runs allowed Homerun steal Batting average earned run average Hawks 75 61 32 16 0.233 3.16 Buff…

PDFファイル内の文字検索ができない(Mac)

ターミナルから以下のコマンドでファイルを削除するだけ。 rm /Users/(user)/Library/Containers/com.apple.Preview 削除が怖ければmvで移動しても可 参考 https://discussionsjapan.apple.com/thread/110211573

Rグラフのpng画像と画質

Rで作成したグラフはいつもPng形式で書き出して PowerPointに貼り付けて使用していました。 プレゼンなどはこれで何の問題もなかったのですが、 学会用ポスターをPowerPoint上で作成すると… 不思議なことにRで作成したすべてのグラフの画質が異様に悪い… も…

複数ファイルの一括削除

ターミナルのコマンドは主にカレントディレクトリを参照するため、 サブディレクトリを含めたファイルの削除などは以下のコマンドが便利です。 find . -type f -name "*.txt"|xargs rm findでtxtの拡張子を持つファイルを検索し、 見つけたファイルを引数と…

Homerのインストールとエラー

Bioinformaticsにおける解析ツール、Homerをダウンロードします。 Xcodeをインストールしていないと後述のようなエラーが出ますのでお気をつけて。 まず、App storeからXcodeをインストールした後、 ターミナルからコマンドラインツールを入れます。 $ xcode…

rsyncによるバックアップフォルダの同期

rsyncはデータの移送元と移送先を比較して、移送先にないデータだけをコピーするコマンドです。 移送先にあるデータでも移送元に更新日時の新しいバージョンがあればそれもコピーされます。 メインコンピュータと外部HDDのバックアップのデータを同期させる…

MACS2のインストール

坊農先生のブログ MACS2のインストール | ぼうのブログ(Backup) に従い、MACS2のインストールを試みましたが、 Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 とエラーが出てしまいインストールできず… pipとsetuptoolsをアップグレードする…