Homerのインストールとエラー

Bioinformaticsにおける解析ツール、Homerをダウンロードします。

Xcodeをインストールしていないと後述のようなエラーが出ますのでお気をつけて。

まず、App storeからXcodeをインストールした後、

ターミナルからコマンドラインツールを入れます。

$ xcode-select --install

次に、Homerをインストールするために

以下のサイトからファイルconfigureHomer.plをダウンロードします。

Homer Software and Data Download

任意のディレクトリにHomerという名前のフォルダを作り、

ダウンロードしたconfigureHomer.pl というファイルを移します。

その後、以下のコマンドでインストールを開始します。

$ perl /Users/<path>/homer/configureHomer.pl -install

PATHの設定については割愛します。

$ findMotifs.pl

適当なコマンドを打ってPATHが通っているかを確認してください。

マウスの解析をするならマウスのゲノム情報をダウンロードします。

$ perl /Users/<path>/homer/configureHomer.pl -install mm10

ーーーーここから先はXcodeをインストールしていなかった場合のお話ーーーー

ChIP peakのGenomic distributionを調べるためにannotatePeaks.plと打つとエラーが…

$ assignGenomeAnnotation: cannot execute binary file

Home brewをインストールしたときにXcode（のコマンドラインツールだけ？）は入れたはずだが記憶も記録もない。

まず、アプリが入っていなかったのでインストール…

ついでにコマンドラインツールもインストールしてみたがエラーは消えない…

Homerを再インストールするとようやくエラーが消えました。