Wet系バイオインフォマティシャンの災難

機械に弱いバイオ研究者に降りかかる災難を綴っていきます。 Twitter: @1wantphd

2020-01-01から1年間の記事一覧

【学振特別研究員になるために】申請書の書き方以外に大切なこと

学振特別研究員の申請の時期になりました。 これから学振に申請する皆様へ私がどうしても伝えたいことは 申請書の書き方”以外”に大切なことがある ということです。 私はこれを知らなかったため、1年目のDC2申請の際には不採用をいただくことになりました。 …

シェルスクリプトに出てくる「2>&1」ってなんですか?【エラーログの保存に使えます】

シェルスクリプトを書くために勉強をしていると 時々行末に「2>&1」という記号を見かけると思います。 プログラミング初心者には意味不明なこの呪文について解説をしたいと思います。 この呪文はファイルディスクリプタと呼ばれる番号"1, 2"と リダイレクト"…

【mapping】BWAでマッピング・出力したファイルはsam形式ではない(場合がある)

【要約】 ・ロングリードのマッピングbwa memではsam形式のファイルが出力される ・ショートリードのマッピングbwa alnでは"sai形式"のファイルが出力される そのため、samファイルに書き換えるためにはbwa samseをする必要がある 以下詳細 【BWAを使い始め…