Wet系バイオインフォマティシャンの災難

機械に弱いバイオ研究者に降りかかる災難を綴っていきます。 Twitter: @1wantphd

2020-03-01から1ヶ月間の記事一覧

シェルスクリプトに出てくる「2>&1」ってなんですか?【エラーログの保存に使えます】

シェルスクリプトを書くために勉強をしていると 時々行末に「2>&1」という記号を見かけると思います。 プログラミング初心者には意味不明なこの呪文について解説をしたいと思います。 この呪文はファイルディスクリプタと呼ばれる番号"1, 2"と リダイレクト"…

【mapping】BWAでマッピング・出力したファイルはsam形式ではない(場合がある)

【要約】 ・ロングリードのマッピングbwa memではsam形式のファイルが出力される ・ショートリードのマッピングbwa alnでは"sai形式"のファイルが出力される そのため、samファイルに書き換えるためにはbwa samseをする必要がある 以下詳細 【BWAを使い始め…