Wet系バイオインフォマティシャンの災難

機械に弱いバイオ研究者に降りかかる災難を綴っていきます。 Twitter: @1wantphd

2019-01-01から1年間の記事一覧

2019年交流戦成績でのPCA

2019 交流戦の成績を元にPCA解析をしてみました。 使用したデータは以下のデータです。 データ元:https://baseball.yahoo.co.jp/npb/standings/26/ runs runs allowed Homerun steal Batting average earned run average Hawks 75 61 32 16 0.233 3.16 Buff…

PDFファイル内の文字検索ができない(Mac)

ターミナルから以下のコマンドでファイルを削除するだけ。 rm /Users/(user)/Library/Containers/com.apple.Preview 削除が怖ければmvで移動しても可 参考 https://discussionsjapan.apple.com/thread/110211573

Rグラフのpng画像と画質

Rで作成したグラフはいつもPng形式で書き出して PowerPointに貼り付けて使用していました。 プレゼンなどはこれで何の問題もなかったのですが、 学会用ポスターをPowerPoint上で作成すると… 不思議なことにRで作成したすべてのグラフの画質が異様に悪い… も…

複数ファイルの一括削除

ターミナルのコマンドは主にカレントディレクトリを参照するため、 サブディレクトリを含めたファイルの削除などは以下のコマンドが便利です。 find . -type f -name "*.txt"|xargs rm findでtxtの拡張子を持つファイルを検索し、 見つけたファイルを引数と…

Homerのインストールとエラー

Bioinformaticsにおける解析ツール、Homerをダウンロードします。 Xcodeをインストールしていないと後述のようなエラーが出ますのでお気をつけて。 まず、App storeからXcodeをインストールした後、 ターミナルからコマンドラインツールを入れます。 $ xcode…

rsyncによるバックアップフォルダの同期

rsyncはデータの移送元と移送先を比較して、移送先にないデータだけをコピーするコマンドです。 移送先にあるデータでも移送元に更新日時の新しいバージョンがあればそれもコピーされます。 メインコンピュータと外部HDDのバックアップのデータを同期させる…

MACS2のインストール

坊農先生のブログ MACS2のインストール | ぼうのブログ(Backup) に従い、MACS2のインストールを試みましたが、 Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 とエラーが出てしまいインストールできず… pipとsetuptoolsをアップグレードする…