Homerのインストールとエラー
Bioinformaticsにおける解析ツール、Homer
をダウンロードします。
Xcode
をインストールしていないと後述のようなエラーが出ますのでお気をつけて。
まず、App storeからXcodeをインストールした後、
ターミナルからコマンドラインツールを入れます。
$ xcode-select --install
次に、Homerをインストールするために
以下のサイトからファイルconfigureHomer.pl
をダウンロードします。
Homer Software and Data Download
任意のディレクトリにHomerという名前のフォルダを作り、
ダウンロードしたconfigureHomer.pl
というファイルを移します。
その後、以下のコマンドでインストールを開始します。
$ perl /Users/<path>/homer/configureHomer.pl -install
PATHの設定については割愛します。
$ findMotifs.pl
適当なコマンドを打ってPATHが通っているかを確認してください。
マウスの解析をするならマウスのゲノム情報をダウンロードします。
$ perl /Users/<path>/homer/configureHomer.pl -install mm10
ーーーーここから先はXcodeをインストールしていなかった場合のお話ーーーー
ChIP peakのGenomic distributionを調べるためにannotatePeaks.plと打つとエラーが…
$ assignGenomeAnnotation: cannot execute binary file
Home brewをインストールしたときにXcode(のコマンドラインツールだけ?)は入れたはずだが記憶も記録もない。
まず、アプリが入っていなかったのでインストール…
ついでにコマンドラインツールもインストールしてみたがエラーは消えない…
Homerを再インストールするとようやくエラーが消えました。
rsyncによるバックアップフォルダの同期
rsyncはデータの移送元と移送先を比較して、移送先にないデータだけをコピーするコマンドです。
移送先にあるデータでも移送元に更新日時の新しいバージョンがあればそれもコピーされます。
メインコンピュータと外部HDDのバックアップのデータを同期させるために以下のコマンドを使用しました。
rsync -av 輸送元/ 輸送先
optionに指定している-a
はアーカイブモード
-v
は転送されるファイルのリストやデータ量を表示
輸送元には転送するフォルダのパス+"/"(スラッシュがないと指定のフォルダ内のデータではなく、フォルダそのものが転送されてしまう。)
輸送先にはフォルダをのパスを指定
実際に同期を行う前にoptionを-avn
とするとして実行すると、
転送は行わず、転送されるファイルリストとデータ量を確認できます。
細かい同期設定をするなら以下のサイトが参考になります。
MACS2のインストール
坊農先生のブログ
に従い、MACS2のインストールを試みましたが、
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1
とエラーが出てしまいインストールできず…
pipとsetuptoolsをアップグレードすることで解決できるとの記事を見つけ、
試してはみたがやはりうまくいかず…
python環境の問題かと考えて色々試した挙げ句、
conda
でインストールできることが判明したため目的は達成できました。
$ conda install -c bioconda macs2
MACS2はpython2.7を要求するので仮想環境の設定をお忘れなく。
$ source activate py27
pipでインストールできなかった原因だけが気がかりです。